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化学式：[Mo3S4(H2O)9]4+[Animated GIF, 286 KB]
原子数：34
原子種数：9
軌道数：33
総電子数：276
スピン分極：考慮に入れない計算(ノンスピン版SCAT)
MSCF：SCFS
サンプル点数：400000 ・・・40万点まで増やしてここでやめたのは、単に私のノートPCのHD空き容量(約 900 MB)が限界に達しただけです。計算は2万点程度で十分収束していますが、40万点まで精度を高めてみました。もし100万点まで増やせば、F15のサイズは1945 MB = 1.90 GBになります。
F15ファイルサイズ：778 MB
10サイクルの計算時間：58 分 34 秒(Watcom Fortran 77 Version 11.0c)
対称軌道：C3v34
- この錯体の分子軌道計算に関する文献：
((1))Genta Sakane, Takashi Shibahara, and Hirohiko Adachi; "Discrete Variational (DV)-Xα Calculations of Incomplete Cubane-Type Molybdenum Clusters [Mo3X4(H2O)9]4+ (X = O, S)", Journal of Cluster Science, 6(4), 503-521 (1995).
((2))○坂根弦太, 柴原隆志, 足立裕彦; "不完全キュバン型モリブデンアクア錯体[Mo3X4(H2O)9]4+(X = O, S)の電子状態", 第5回ＤＶ-Ｘα研究会(東京都・早稲田大学国際会議場・井深大記念ホール(発表会場)・3階第1会議室(ポスター会場)), 平成4(1992)年8月4日(火)〜6日(木), ＤＶ-Ｘα研究協会会報(Bulletin of the Society for Discrete Variational Xα), 5, 22, pp. 22-1〜22-16 (1992).
((3))柴原隆志, ○坂根弦太, 山崎幹緒, 足立裕彦; "モリブデン硫黄クラスタ−錯体の電子状態",第3回ＤＶ-Ｘα研究会(兵庫県神戸市・舞子ビラ), 平成2(1990)年8月8日(水)〜9日(木), ＤＶ-Ｘα研究協会会報(Bulletin of the Society for Discrete Variational Xα), 3, 17, pp. 17-1〜17-10 (1990).
- この錯体の合成に関する文献：
((1))Genta Sakane, Takashi Shibahara, John H. Enemark, Jonathan McMaster, Michael Valek; "22. Sulfur-Bridged Incomplete Cubane-Type Molybdenum and Tungsten Aqua Ions", Inorganic Syntheses, 33, 144-149 (2002).
((2))日本化学会編, “第５版 実験化学講座２２ 金属錯体・遷移金属クラスタ−”, 2章2.1.5 ６族金属錯体 Mo, W (磯辺清著), p. 44, 丸善 2004年7月30日発行.
● contrd + VENUS で作画するのに必要なファイルは、まとめてこちらからダウンロードできます（zipで圧縮してあります）。
→ complex01.zip(f01,f09,f39,c04d,complex01.vcs) [download] 235 KB 2005.01.15
・contrd入力ファイル：c04d (ascii, 1 KB), f09 (binary, 56 KB), f39 (binary, 228 KB)
・VICS入力ファイル：f01 (ascii, 2 KB), c04d (ascii, 1 KB)
・VICS出力ファイル：complex01.vcs (ascii, 7 KB)
・VEND入力ファイル：contrd g [Enter]を実行することにより生成されます。
● 単結晶Ｘ線構造解析データ
化学式：[Mo3S4(H2O)9](CH3C6H4SO3)4・9H2O
結晶系：Triclinic
空間群：P1-(#2)
【単結晶】 ←クリックすると、測定に用いた単結晶をご覧いただけます。【単結晶の動画】(Animated GIF, 243 KB)
※Rigaku CCD単結晶自動Ｘ線構造解析装置 Mercury CCD systemで回折データを採取し、Rigaku teXsan Ver. 2.0にて解析いたしました。水素原子も含めて全原子の座標を決定いたしました。
※結晶のマウントには、ファルマ・アクセス(株)のMicroMountTMを用いました。Loop法に比べて扱いやすく、バックグラウンドも低く、言うことなしの優れものです。
● DV-Xα計算の入力ファイル
【F01】 ←クリックするとご覧いただけます【2 KB】
※dv2f01でF05より作成したF01です。通常は、F01よりmakef05でF05を作成しますが、makef05がまだなかった時代にDVDATAで作成したF05がすでに手元にありましたので、VICSで棒球表示の分子モデルを描くために、F05からF01をdv2f01で作りました。
※プログラムDVDATAについての解説は、書籍「はじめての電子状態計算」添付CD-ROM中の文書ファイル“DV.doc”に書かれています。
【F05】 ←クリックするとご覧いただけます【10 KB】
※単結晶Ｘ線構造解析で求めた原子間距離・角度より、錯陽イオン部分にC3v対称があるものと仮定して、Z-Matrixを組んで求めた座標を用い、DVDATAで作成したF05（SCAT計算が収束した後のF05）です。座標は最終的に、プログラムc3v1, c3v3, c3v6を使って完全にC3v対称となるように求めました。
※プログラムDVDATAについての解説は、書籍「はじめての電子状態計算」添付CD-ROM中の文書ファイル“DV.doc”に書かれています。
【F25】 ←クリックするとご覧いただけます【33 KB】
※対称軌道作成プログラム“SymWave”で作成したF25（C3v対称、34原子9原子種用）です。
※SymWave: 井本英夫, ＤＶ-Ｘα研究協会会報(Bulletin of the Society for Discrete Variational Xα), 3, 21-1〜21-6 (1990).
● 化学環境にフレキシブルに最適化された数値基底関数
【b05】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※basefの一般入力ファイルです。モリブデンの1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d, 4s, 4p, 4d, 5s, 5p軌道について描く場合の入力です。
【B07】 ←クリックするとご覧いただけます【99 KB】
※basefの出力ファイルB07です。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【B07.gif】 ←クリックするとご覧いただけます【10 KB】
※DVPLOTでB07を読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したGIF画像です。
※プログラムbasefについての解説は、書籍「はじめての電子状態計算」添付CD-ROM中の文書ファイル“DV.doc”に書かれています。
● 分子軌道（波動関数）の番号
【WAVNUM】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
※WAVNUMの出力ファイルWAVNUMです。波動関数の番号の一覧が掲載されています。
● VENUS用の電子密度、静電ポテンシャル、波動関数の三次元データを作成
【c04d】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※contrdの一般入力ファイルです。
● 分子軌道（波動関数）のエネルギー準位
【F08E】 ←クリックするとご覧いただけます【10 KB】
※SCAT計算で自動的に作成されます。分子軌道のエネルギー準位一覧です。
● 最後の10サイクルのOrbital Population
【F36】 ←クリックするとご覧いただけます【20 KB】
※SCAT計算で自動的に作成されます。最後の10サイクルのOrbital Populationの初期値と終値です。
【F36.OUT】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
※プログラムREAD36の出力ファイルF36.OUTです。
● 占有軌道と空軌道のエネルギー間隔
【F08E.prests】 ←クリックするとご覧いただけます【5 KB】
※prestsでF08Eより作成したF08E.prestsです。占有軌道と空軌道のエネルギー間隔の一覧です。
● 各分子軌道についてポピュレーション解析を行う
【F08P】 ←クリックするとご覧いただけます【72 KB】
※POPANLの出力ファイルF08Pです。
【F08P】 ←クリックするとご覧いただけます【220 KB】
※POPANLSの出力ファイルF08です。
● 各原子の有効電荷(Net Charge)を求める
【I08】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※NETCの出力ファイルI08です。
● 有効共有結合電荷(Bond Overlap Population)を求める
【BN8】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
※BNDODRの出力ファイルBN8です。
● 原子座標の確認
【F05MOLDA.XYZ】 ←クリックするとご覧いただけます【2 KB】
※dv2moldaでF05より作成したF05MOLDA.XYZです。Molda for Windowsで読み込むことができる座標ファイルです。
【F05C3D.INP】 ←クリックするとご覧いただけます【2 KB】
※dv2chem3dでF05より作成したF05C3D.INPです。Chem3Dで読み込むことができる座標ファイルです。
【F05.daph】 ←クリックするとご覧いただけます【3 KB】
※dv2daphでF05より作成したF05.daphです。結晶解析ユニバーサルプログラムシステム UNICS の DAPH で読み込むことができる座標ファイルです。
※UNICS: 桜井敏雄編, 日本結晶学会, (1967).
※DAPH: 芦田玉一編, 大阪大学大型計算機センター, (1973).
【F05.daph.out】 ←クリックするとご覧いただけます【39 KB】
※daphを起動し、F05.daphを読み込んで、原子間距離・角度を計算した結果出力ファイルです。
※DAPH: 芦田玉一, HITAC 5020E version, (1966).
● クラスタ−モデルの原子の構成に関する情報を表示する
【atout】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※ATLISTの出力ファイルatoutです。
● クラスタ−モデル中の原子間距離を種類ごとに第５近接距離まで表示する
【blout】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※BLLISTの出力ファイルbloutです。
● エネルギー準位図の作成
【L04】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※makel04で作成したlvlshmの入力ファイルL04です。
【L05】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※makel04で作成したlvlshmの入力ファイルL05です。
【L07】 ←クリックするとご覧いただけます【4 KB】
※lvlshmの出力ファイルL07です。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【L07.gif】 ←クリックするとご覧いただけます【4 KB】
※DVPLOTでL07を読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したGIF画像です。
● Overlap Population Diagramの作成
【LB4S】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※LVLBNDSの入力ファイルLB4Sです。
【LB5S】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※LVLBNDSの入力ファイルLB5Sです。
【LB7S】 ←クリックするとご覧いただけます【23 KB】
※LVLBNDSの出力ファイルLB7Sです。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【LB7S.gif】 ←クリックするとご覧いただけます【9 KB】
※DVPLOTでLB7Sを読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したGIF画像です。
● 状態密度図の作成
【D04】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※maked04で作成したdosの入力ファイルD04です。
【D05】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※maked04で作成したdosの入力ファイルD05です。
【D07】 ←クリックするとご覧いただけます【42 KB】
※dosの出力ファイルD07です。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【D07.gif】 ←クリックするとご覧いただけます【5 KB】
※DVPLOTでD07を読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したGIF画像です。
【D07S】 ←クリックするとご覧いただけます【44 KB】
※dosの出力ファイルD07Sです。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【D07S.gif】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
※DVPLOTSでD07Sを読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したGIF画像です。
● 波動関数等高線図の作成
【C04】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※makec04で作成したcontr&cmapの入力ファイルC04です。
【C05】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
※makec04で作成したcmapの入力ファイルC05です。
【W113】 ←クリックするとご覧いただけます【126 KB】
※contr&cmapの出力ファイルW113です。HOMO 45e軌道の１番目の軌道（波動関数番号=113）をX-Z平面で切断したときの波動関数等高線図です。RolandのDXY-GLコマンドで記述されています。
【W113.jpg】 ←クリックするとご覧いただけます【54 KB】
※DVPLOTでW113を読み込んだ画面をPaintShopで加工・保存したJPEG画像です。
● VENUSによる棒球模型表示
【計算した錯体（錯陽イオン部分）の全景（棒球模型）】
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：94 KB，中図：116 KB，右図：112 KB】
● VENUSによる等電子密度表面の作画
【電子密度の図】(Isosurface level: 0.02a0-3)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：139 KB，中図：159 KB，右図：147 KB】
● VENUSによる静電ポテンシャルの等値表面の作画
【静電ポテンシャルの図】(Isosurface level: -2.0 Ry)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：133 KB，中図：144 KB，右図：142 KB】
● VENUSによる等電子密度表面静電ポテンシャル彩色図の作画
【等電子密度表面における静電ポテンシャルの図】
【The electrostatic potential painted charge density surface for [Mo3S4(H2O)9]4+】
(電子密度のIsosurface level: 0.0512a0-3, 静電ポテンシャルのSurface Colorization Scale: 1.06)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 251 x 251 x 251
◎VENDでのSmoothing: does not apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図：162 KB，中上図：111 KB，右上図：134 KB】
【左下図：137 KB，中下図：136 KB，右下図：160 KB】
【等電子密度表面における静電ポテンシャルの図（錯陰イオンの棒球表示を加えたもの）】
(電子密度のIsosurface level: 0.0512a0-3, 静電ポテンシャルのSurface Colorization Scale: 1.06)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 251 x 251 x 251
◎VENDでのSmoothing: does not apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図：148 KB，中上図：98 KB，右上図：124 KB】
【左下図：126 KB，中下図：121 KB，右下図：142 KB】
● VENUSによる波動関数の等値表面の作画
【 highest occupied molecular orbital, HOMO(最高被占分子軌道) = 45e軌道の１番目の軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：112 KB，中図：97 KB，右図：99 KB】
※↑上の[Mo3S4(H2O)9]4+のHOMO 45e/1 軌道をGIFアニメーションで動画にいたしました。
画像サイズに十分ご注意のうえ、クリックしてご覧ください。
■注意！■ GIFアニメーションファイルは、かなり巨大です。
→ Return to top of Table of Contents(もくじに戻る)
さらに小さいサイズの Animated GIF(227 KB)
・小さいサイズの Animated GIF(624 KB)
・普通のサイズの Animated GIF(1.75 MB)
・大きいサイズの Animated GIF(3.19 MB)
・さらに大きいサイズの Animated GIF(6.51 MB)
【 highest occupied molecular orbital, HOMO(最高被占分子軌道) = 45e軌道の２番目の軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：112 KB，中図：102 KB，右図：103 KB】
【 HOMOの１つ下の軌道 35a1軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：110 KB，中図：104 KB，右図：104 KB】
【 HOMOの２つ下の二重縮退軌道 44e軌道の１番目軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：117 KB，中図：103 KB，右図：103 KB】
【 HOMOの２つ下の二重縮退軌道 44e軌道の２番目軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：117 KB，中図：103 KB，右図：102 KB】
【 lowest unoccupied molecular orbital, LUMO(最低空分子軌道) = 46e軌道の１番目の軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：110 KB，中図：98 KB，右図：99 KB】
【 lowest unoccupied molecular orbital, LUMO(最低空分子軌道) = 46e軌道の２番目の軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：108 KB，中図：93 KB，右図：96 KB】
【 LUMOの１つ上の軌道 36a1軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：109 KB，中図：103 KB，右図：102 KB】
【 LUMOの２つ上の二重縮退軌道 47e軌道の１番目軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：133 KB，中図：119 KB，右図：120 KB】
【 LUMOの２つ上の二重縮退軌道 47e軌道の２番目軌道の図】(Isosurface level: 0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 101 x 101 x 101
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます【左図：133 KB，中図：108 KB，右図：113 KB】
